江苏省大丰麋鹿国家级自然保护区管理处（盐城市麋鹿自然保护区管理局）设立5个内设机构，均相当正科级。

办公室

负责管理处机关日常工作；制定并执行管理处机关的各项《议事规则》与工作制度；负责文电、会议、财务、人事、信息、保密、档案、接待、后勤保障、业务车辆管理等工作；牵头负责办理人大建议、政协委员提案等工作；负责固定资产的登记与管理；负责智慧管理平台日常管理和维护；负责指导直属单位的财务工作，牵头配合审计工作。

 技术管理处

负责制定保护区科研计划，组织科研课题的筛选、申报、和立项；负责开展科研项目评估，组织科研成果鉴定与科果奖项申报；负责麋鹿种群和鸟类等野生动物的生物多样查与监测；负责麋鹿种群的调控、疾病救治及重大疫源疫病监测与防控；负责科研档案的整理归档；负责保护区实验室与科技文献资料管理；负责保护区技术人员专业能力培训；负责开展国际、国内各项科研交流与合作。

宣传教育处

负责宣传贯彻国家、省、市有关自然保护区建设、湿地保护、野生动物保护等方面的法律法规、方针政策；负责保护区对外宣传工作和精神文明建设等工作；开展麋鹿及湿地保护等科学知识的普及宣传；负责中华麋鹿园生态旅游宣传材料的审核；负责开展对外影视创作、摄影等项目合作及新闻媒体的接待宣传工作；负责落实保护区意识形态工作；负责信息发布工作；牵头负责网络舆情监测与处置；负责保护区年鉴和大事记；负责保护区官方网站、微信公众号、抖音等新媒体平台的建设与管理。

监督审查室

监督检查党和国家的路线、方针、政策以及各项规章制度的学习与执行情况；负责受理来信来访与内部举报工作并核查线索；负责配合上级纪检监察机关案件调查工作；牵头负责巡视巡察反馈问题整改与落实；纪检监察保护区“三重一大”事项；负责监督保护区建设项目的招投标与验收等相关工作；负责保护区机关党建与党风廉政建设工作；组织完成本单位和上级纪检监察机关交办的其他工作。

安全生产管理处（资源管护处）

负责安全生产管理工作；负责保护区内环境整治工作及管护设施的保护、维修和更换；负责保护区环境保护工程项目的预评估与可行性审查；负责保护区范围内水电管理；负责林地、林木和湿地等资源的保护与管理；牵头负责环保督察、森林资源督察的落实工作；负责森林防火、防灾及救灾等相关工作；负责保护区范围内的巡护与检查，督促落实安全防范措施；负责麋鹿救助工作；负责协助公安机关查处伤害麋鹿及其他野生动物和破坏生态环境的违法案件；负责自然保护地管理，勘界立标等工作。